Разработано много программ, работающих с форматом PDF.
Самые простые из таких программ выполняют просмотр и создание новых PDF-документов, а также могут конвертировать содержимое документа в другой формат или наоборот. Существуют программы, позволяющие редактировать и добавлять текст, объекты, изображения, печати и ссылки в PDF-документ.
В некоторых программах есть возможность разделять и объединять документы данного формата, извлекать из него отдельные страницы и объекты.
С помощью программ попрофессиональнее можно добавлять водяные знаки, логотипы и колонтитулы. Многие имеют возможность пакетной обработки большого числа документов. Профессиональные программы для работы с PDF позволяют делать формы. После этого можно предоставлять их клиентам для заполнения.
Многие программы имеют функции управления цифровыми правами. Цифровые права в таких программах позволяют поставить запрет на извлечение из PDF-документа текста и картинок, а также сделать запрет печати.
Для формата PDF имеются также серверные программы. В таких приложениях можно создавать документы на стороне сервера. Причём посмотреть данный документ можно даже с машины клиента на которой нет полной версии приложения Acrobat.